Maîtresse harmonisatrice du peuple Himba, Binti est vouée à reprendre la boutique d'astrolabes de son père... Mais l'incroyable don pour les mathématiques de l'adolescente lui ouvre les portes de la prestigieuse université interplanétaire Oomza. Binti embarque sur le Troisième Poisson à l'insu de sa famille. Mais au cours du trajet, les Méduses, ennemies millénaires des humains, abordent le vaisseau pour en massacrer les passagers. Commence alors pour Binti un combat pour sa survie et celle de ceux qui lui sont chers.