Un jour, Asuna entend une mystérieuse chanson sur la radio que lui a légué son père. Depuis, cet air ne la quitte plus. Lorsqu'elle retourne dans la montagne quelques jours plus tard, elle est attaquée par une créature étrange. Un jeune homme sorti de nulle part du nom de Shun vient à son secours. Il dit venir d'une contrée lointaine nommée Agartha, un monde d'une beauté à coupler le souffle où il serait possible de ramener à la vie des êtres disparus. Commence alors un voyage initiatique vers le monde d'Agartha...