Molly Mahoney est la gérante timide et maladroite du magasin de jouets le plus étrange, le plus fantastique et le plus merveilleux au monde, où les jouets ont leur vie propre, sous l'oeil bienveillant du propriétaire, l'exentrique Mr Magorium. Mais lorque Mr Magorium décide de léguer son magasin à Molly, un changement inquiétant se produit chez les jouets : ils sont en colère et plus question pour eux de s'animer comme avant ! Et ce n'est sûrement pas Henri, le nouveau comptable qui ne croit pas à la magie, qui va aider Molly à redonner vie au magasin ! Pour avoir une chance d'y parvenir, elle va devoir percer le secret de la magie qui l'animait...