Quand Antoni Van Leeuwenhoek (1632-1723), père du microscope, observa que dans sa salive « de petits animaux vivants se déplaçaient de manière extravagante » (cité dans [1]), le monde scientifique était loin de concevoir que la moitié de ce qui compose notre corps n’est pas humain mais microbien. Il s’agissait de la première observation de ce que l’on appelle aujourd’hui le « microbiote ». Avant d’admettre cette « moitié microbienne de nous-même », la médecine est d’abord passée par l’idée que les microbes étaient avant tout la cause de maladies infectieuses.