Zero, alias Lelouch, à la tête de l'Ordre des chevaliers noirs, voit ses plans contrariés par son ami Suzaku, devenu l'un des chevaliers de la Table Ronde.

Vaincu par Suzaku, Lelouch est amené devant son père, l'empereur Charles Di Britannia, qui va châtier la tentative de rébellion de son fils. Il décide de l'envoyer en Area 11 après avoir verrouillé son Geass et effacé tous ses souvenirs, y compris ceux concernant sa petite soeur Nunally.

Avec le retour de Zéro, les hostilités reprennent de plus belle entre l'odre des Chevaliers Noirs et l'armée britannienne. Schneizel est décidé à arrêter son adversaire par tous les moyens, tandis que celui-ci a le projet de s'attaquer directement à la source de leurs pouvoirs : la secte du culte du Geass.

L'attaque sur le port est un succès. Zero, alias Lelouch, et l'Ordre des chevaliers noirs peuvent se féliciter de ce coup d'éclat qui expose au grand jour leurs objectifs. Mais Lelouch va être confronté aux conséquences bien réelles de ses décisions : le père de Sheryl, un simple ingénieur travaillant sur le port, est mort de sa main...

Le prince Clovis a été assassiné. Les autorités britanniennes, dans l'obligation de maintenir un semblant de contrôle de la situation, décident de condamner Suzaku, un Eleven naturalisé britannien, pour le meurtre du monarque. Lelouch, qui reconnaît son ami d'enfance, décide d'intervenir.