Après la découverte d'un "traitement" - très controversé - les mutants peuvent désormais choisir entre conserver leurs pouvoirs surhumains ou renoncer à leur talent unique et devenir des humains ordinaires. Lorsque, sur cette question, Charles Xavier, chef pacifique des x-men, et Magneto, son homologue chez les rebelles, s'affrontent, les lignes de combats sont tracées pour la plus acharnée des batailles.

L'agent du FBI Will Graham, parti précocement à la retraite, est rappelé par son ancien patron pour traquer un tueur en série particulièrement féroce. Pour mieux comprendre le criminel, Graham doit faire appel au terrifiant Hannibal Lecter, qu'il avait arrêté quelques années auparavant.