A la suite de mutation génétiques, certains enfants, dans ce monde gouverné par les préjugés, naissent dotés de pouvoirs étranges et parfois dangereux. Cyclope projette de puissants rayons lumineux de sa rétine, Storm peut manipuler le climat, Rogue absobe sans le vouloir la vitalité de tout ce qu'elle touche. Ces enfants, certains devenus adultes, sont élèves ou professeurs à l'école très spéciale du Professeur Xavier, où ils apprennent en secret à utiliser leurs pouvoirs sans risquer de blesser personne et uniquement pour faire le bien autour d'eux. A l'école, ils sont protégés du monde extérieur qui les rejette, mais lorsque Magneto, qui, contrairement à Xavier, ne veut pas d'une coexistence pacifique entre mutants et humains, échaffaude un plan pour éliminer l'humanité ordinaire et faire des mutants les maîtres du monde, Xavier lance les X-Men à sa poursuite pour l'empêcher de réaliser ses projets.

Après la découverte d'un "traitement" - très controversé - les mutants peuvent désormais choisir entre conserver leurs pouvoirs surhumains ou renoncer à leur talent unique et devenir des humains ordinaires. Lorsque, sur cette question, Charles Xavier, chef pacifique des x-men, et Magneto, son homologue chez les rebelles, s'affrontent, les lignes de combats sont tracées pour la plus acharnée des batailles.