A la fin du XVIIe siècle, au Japon, Sano Ichirô, le grand investigateur du shogun Tokugawa Tsunayoshi, vient d'épouser la jeune Reiko, lorsque Harume, une de ses concubines, meurt. Il découvre qu'elle a été empoisonnée par de l'encre avec laquelle elle venait de faire un tatouage qui lui était dédié. Il apprend aussi qu'elle était enceinte. Il enquête avec l'aide de son assistant Hirata.

Sano Ichirô débute une enquête au palais de l'empereur pour démasquer un meurtrier qui connaît le secret du kiai, cri de l'esprit qui tue instantanément et dont la première victime est un haut fonctionnaire de Kyôto. Face à des conspirations politiques et passions interdites, Sano et sa femme Reiko cherchent à percer des secrets, afin d'éviter une guerre civile japonaise.

Japon, fin du XVIIe siècle. Sano Ichirô enquête sur un incendie criminel qui a ravagé une maison du temple du Lotus noir. Sa traque de l'assasin le conduit à suspecter une orpheline. Reiko, sa femme, n'est pas de son avis et décide de mener l'enquête elle-même pour le lui prouver. Intrigues de palais, complots et passions exacerbées servent de toile de fond à cette énigme.