Zero, alias Lelouch, à la tête de l'Ordre des chevaliers noirs, voit ses plans contrariés par son ami Suzaku, devenu l'un des chevaliers de la Table Ronde.

Vaincu par Suzaku, Lelouch est amené devant son père, l'empereur Charles Di Britannia, qui va châtier la tentative de rébellion de son fils. Il décide de l'envoyer en Area 11 après avoir verrouillé son Geass et effacé tous ses souvenirs, y compris ceux concernant sa petite soeur Nunally.

Avec le retour de Zéro, les hostilités reprennent de plus belle entre l'odre des Chevaliers Noirs et l'armée britannienne. Schneizel est décidé à arrêter son adversaire par tous les moyens, tandis que celui-ci a le projet de s'attaquer directement à la source de leurs pouvoirs : la secte du culte du Geass.

L'attaque sur le port est un succès. Zero, alias Lelouch, et l'Ordre des chevaliers noirs peuvent se féliciter de ce coup d'éclat qui expose au grand jour leurs objectifs. Mais Lelouch va être confronté aux conséquences bien réelles de ses décisions : le père de Sheryl, un simple ingénieur travaillant sur le port, est mort de sa main...

2017, dans l'Area 11, une colonie du Saint Empire de Britannia. Le jeune Lelouch Lamperouge se retrouve pris au milieu d'une opération militaire et obtient le Geass, le pouvoir de soumettre quiconque à sa volonté. Héritier du trône britannien vivant sous le sceau du secret et ayant de la rancune envers son père, Lelouch endosse le rôle de Zéro, un justicier Eleven qui veut détruire Britannia.

Le prince Clovis a été assassiné. Les autorités britanniennes, dans l'obligation de maintenir un semblant de contrôle de la situation, décident de condamner Suzaku, un Eleven naturalisé britannien, pour le meurtre du monarque. Lelouch, qui reconnaît son ami d'enfance, décide d'intervenir.

Il s'est sacrifié pour sauver le monde et protéger ceux qu'il aimait. An 2 de l'ère Kôwa. Aujourd'hui, le monde est unifié autour de la Fédération des Nations Unies et connaît des jours de paix comme jamais auparavant, du moins en apparence... La conseillère Nunnally vi Britannia est en visite diplomatique dans un camp de réfugiés avec Suzaku Kururugi, devenu conseiller en chef des Chevaliers Noirs sous les traits de l'homme masqué Zero. C'est alors que de mystérieux Knightmare Frames attaquent le camp et kidnappent les deux représentants. Le terrible royaume de Zilkhstan serait-il à l'origine de cette crise ? Pour investiguer, les autorités dépêchent une équipe dirigée par Kallen sur les lieux. Ils feront là-bas la rencontre d'un visage familier...