2400. La planète Terre n'est plus que ruines depuis le cataclysme du Nano Hazard. La majorité des humains ont fui la planète, abandonnant leur enveloppe corporelle et digitalisant leur esprit afin de vivre dans un monde cybernétique appelé DEVA. Mais un mystérieux hacker du nom de Frontier Setter essaie de pirater le système du serveur central de DEVA depuis la surface de la Terre. Les hauts fonctionnaires de DEVA dépêchent sur Terre Angela Balzac, Officier du Système de Sécurité de niveau 3, afin d'enquêter sur le hacker. Equipée d'une prothèse corporelle, Angela prend contact avec un agent local nommé Dingo et se met en quête de Frontier Setter sur ces terres dévastées qu'elle ne maîtrise pas. Au fil de l'enquête, Angela découvre une nouvelle vérité sur son humanité perdue qui pourrait être encore plus dangereuse que l'action menée par Frontier Setter... (Electre)

Afin d'obtenir le portrait-robot de Makishima, dont seule Akane Tsunemori a aperçu le visage, celle-ci accepte de subir une imagerie mémorielle. Mais cette intrusion dans ses souvenirs risque de faire dangereusement augmenter son facteur criminel... Pendant ce temps, Shôgo Makishima met en route son plan pour attaquer les système Sibylle directement à la source.

Sur les traces de Makishima, la Sécurité Publique se sépare en deux groupes pour le retrouver : Akane et Kôgami partent vers le sommet de la tour Nona, tandis que Kagari en inspecte le sous-sol. Kôgami parviendra-t-il enfin à mettre la main sur l'homme qu'il cherche depuis tant de temps ? De son côté, Kagari s'approche du coeur du Système Sibylle sans le savoir... et sans en mesurer le danger !

Kôgami est parti seul à la poursuite de Makishima, convaincu que celui-ci prépare un attentat d'une ampleur inégalée. Akane et la première unité les prennent alors en chasse en remontant la trace du déserteur jusqu'à un endroit bien singulier... Comment Akane résoudra-t-elle son dilemme lorsqu'elle fera enfin face à Kôgami ?