Afin d'obtenir le portrait-robot de Makishima, dont seule Akane Tsunemori a aperçu le visage, celle-ci accepte de subir une imagerie mémorielle. Mais cette intrusion dans ses souvenirs risque de faire dangereusement augmenter son facteur criminel... Pendant ce temps, Shôgo Makishima met en route son plan pour attaquer les système Sibylle directement à la source.

Sur les traces de Makishima, la Sécurité Publique se sépare en deux groupes pour le retrouver : Akane et Kôgami partent vers le sommet de la tour Nona, tandis que Kagari en inspecte le sous-sol. Kôgami parviendra-t-il enfin à mettre la main sur l'homme qu'il cherche depuis tant de temps ? De son côté, Kagari s'approche du coeur du Système Sibylle sans le savoir... et sans en mesurer le danger !

Kôgami est parti seul à la poursuite de Makishima, convaincu que celui-ci prépare un attentat d'une ampleur inégalée. Akane et la première unité les prennent alors en chasse en remontant la trace du déserteur jusqu'à un endroit bien singulier... Comment Akane résoudra-t-elle son dilemme lorsqu'elle fera enfin face à Kôgami ?