Orca, le capitaine de l'Orca, est mort et c'est Marine, sa fille, qui prend sa place à la tête de l'équipage. Des énigmes, des révoltes et des combats parsèment la route vers Libertalia, la porte du Monde bleu. Mais Skykiller est toujours à leurs trousses, et il y a un traitre à bord...