Arthur vit paisiblement avec sa grand-mère dans une maison perdue en pleine nature. Mais un jour, un promoteur immobilier les menace d'expulsion s'ils n'ont pas remboursé leurs dettes. Au péril de sa vie, Arthur décide de passer dans le monde des Minimoys pour trouver un trésor légendaire... Il va alors découvrir un monde magique et vivre la plus extraordinaire des aventures !

En vacances chez ses grands-parents, Arthur reçoit un message gravé sur un grain de riz. C'est un appel à l'aide envoyé par les Minimoys. Pas de doute, Sélenia, princesse miniature et élue de son coeur, est en danger ! Arthur n'a alors plus qu'une seule idée en tête : voler à son secours. Mais si c'était un piège, tendu par l'infâme Maltazard, bien décidé à prendre sa revanche ?

Maltazard mesure désormais 2 mètres 10 de haut... et veut dominer le monde. Seuls Arthur et ses amis Sélénia et Bétamèche, tous les trois en minimoys, peuvent l'arrêter. Ils vont devoir faire appel à toute leur imagination et leur ingéniosité pour, du haut de leurs 2 millimètres, contrer les plans machiavéliques de Maltazard et rétablir l'harmonie entre les deux mondes.