L'équipage de Starfleet est sur le point de lancer le vaisseau spatial le plus sophistiqué de l'histoire : l'USS Enterprise. Durant leur incroyable voyage d'exploration et de découverte galactique, ils rencontrent le diabolique Nero dont le besoin de vengeance menace l'humanité toute entière.

Indiana Jones, accompagné bien malgré elle par la fameuse chanteuse de cabaret Willie Scott et par son jeune acolyte Demi Lune, arrive dans une village où les enfants ont été enlevés pour travailler dans une mine. Les ravisseurs ont également volé une relique très importante pour les habitants, une sorte de pierre gravée, signe de chance. Indy accepte de partir à la rescousse des enfants et de retrouver la pierre... au grand dam de Willie Scott !