Victime d'une conspiration, Ryûnosuke Takagi est en cavale pour échapper à la police. Quant à son fils Fujimaru, c'est grâce à Otoya qu'il se rend peu à peu compte que sa professeure Maya est impliquée dans l'opération orchestrée par le mystérieux K.

Fujimaru est à la recherche de l'antiviral pouvant permettre de sauver les deux agents contaminés. Il ignore toutefois que Maya est infiltrée dans les locaux du THIRD-i, bien déterminée à s'emparer avant lui du remède. Dans le même temps, Otoya et Aoi ont rejoint le père de Fujimaru.

La dissémination du virus dans le pénitencier était un piège tendu par Fujimaru, dans le but de coincer les terroristes. Acculée, Maya exécute le gourou.

Le piège concocté par les terroristes se resserre. Coincés dans le bâtiment de leur école, Fujimaru et ses amis vont devoir résister à l'ennemi et contrer une menace bactériologique toute proche. Pendant ce temps, les malfaiteurs avancent vers la prison où est retenu leur gourou.

Fujiramu doit trouver un antiviral pour sauver deux agents du bureau Third-i, contaminés par le virus Bloody-X.

Fujimaru et ses alliés ont réussi à éloigner les terroristes mais il manque une antidote pour sauver Marko, touchée par le virus meurtrier. Ils doivent retrouver leurs ennemis qui sont désormais les seuls à posséder l'antidote.

Entre les mains de terroristes, Fujimaru est contraint de s'introduire sur le serveur du Third-i pour leur permettre d'effacer un fichier. Mais le petit hacker trouve le moyen de tendre un piège à ses ravisseurs.

Les terroristes projettent de faire exploser une bombe à neutrons. Fujimaru et les agents du Third-i n'ont que cinq jours pour déjouer ce plan.

Un agent secret russe est retrouvé mort dans une chambre d'hôtel de Tokyo. Derrière cette affaire, se cachent une femme prénommée Maya et une attaque bactériologique au nom de Bloody monday. A la demande de l'agence de sécurité publique, Fujimaru Takagi s'attaque au décryptage d'un fichier informatique, tandis que son père, victime d'un piège, part en cavale.

Fujimari Takagi est élève de première dans un lycée de Tokyo. Sous ses apparences de garçon discret, se cache en réalité Falcon, un hacker de génie, si talentueux qu'il est recruté par le bureau Third-i de l'Agence d'investigation de sécurité publique. Il se retrouve au coeur d'un complot terroriste mettant en scène un virus meurtrier. Le nom de code de l'opération est Bloody monday.

Grâce aux conseils d'Otoya, Fujimaru parvient à démasquer Maya et à la capturer. Elle est soumise à un interrogatoire aux bureaux du Third-I. Fujimaru s'attèle au déchiffrement de deux fichiers remis par son père, et découvre une similitude entre cette affaire et une autre, survenue deux ans plus tôt...