Bien du temps a passé depuis la victoire de Sora sur l'Organisation XIII dans Kingdom Hearts II ! Alors que notre héros pensait enfin retrouver une vie paisible sur son île, une lettre du Roi Mickey lui apprend le retour d'un vieil ennemi qui ne pourra être contré qu'avec l'aide du mystérieux Pouvoir de l'Éveil. Or, Sora échoue à obtenir ce pouvoir et se retrouve plus affaibli que jamais… Le voilà donc reparti à l'aventure dans les mondes Disney aux côtés des inséparables Donald et Dingo afin de recouvrer ses forces perdues !

Pendant que Sora, Donald et Dingo poursuivent leur voyage, Yen Sid partage plus de détails avec Riku et Kaïri au sujet des trois héros de la Keyblade portés disparus : Ventus, Terra et Aqua. Mickey révèle alors qu'il a une petite idée de l'endroit où pourrait se trouver Aqua, car il a croisé cette dernière il y a fort longtemps, errant seule dans le sinistre royaume des ténèbres…