Lin, Isaku et Dôa affrontent des hommes d'armes qui ont été humiliés par Lin, pendant qu'Habaki, le chef du Mugaïryû, retient toujours Manji. Il a fait appel à un nouveau médecin pour continuer les expériences sur Manji afin de découvrir l'origine de son pouvoir de régénération.

Lin croise la route des deux nouveaux combattants de l'Ittôryû. L'Immortel, prisonnier du Mugairyû, est torturé pour lui ôter le ver qui lui donne son pouvoir de régénération. Kagimura, le maître de cette école de sabre, se révèle un talentueux bretteur. Avec une présentation des personnages.

Réunis par le destin, Anotsu et Manji affrontent ensemble les disciples d'Ibane, bientôt rejoints par Magatsu et Makie, laquelle offre à un disciple de combattre Anotsu, affaibli par la maladie. Plus tard, de retour à Edo, Magatsu découvre que les membre de l'école Ittôryû ont été massacrés par les hommes de Kagimura qui n'est autre que le mystérieux Agaki.

Prisonnier du Mugaïryû, Manji sert de cobaye à Burandon Ayame, jeune médecin au service du clan. Condamné par le Shôgunat pour avoir tenté de sortir clandestinement du pays afin de découvrir la médecine occidentale, Ayame tente, sur ordre de Habaki, de découvrir si le pouvoir de régénération de Manji est transmissible.

Anotsu apprend à Lin que les membres du Ittôryû doivent quitter la capitale. Lin décide de suivre Anotsu en compagnie de Manji. Dans le même temps, les six démons recherchent activement les membres du Ittôryû.

Baro est rattrapé par les gardes du château. Quand leur chef s'avance, Baro se retrouve confronté à une vieille connaissance et à son passé. Pendant ce temps, Meguro et Tampopo se remettent de leurs blessures. mais leur convalescence a trop duré et les voilà livrées à elles-mêmes sans nouvelles de Habaki et des Six Démons. Leur avenir semble incertain, d'autant qu'elles décident de faire mine d'ignorer l'identité de Manji, pourtant connu de tous les hommes de Habaki. Manji et Lin repartent sur la route sans se douter qu'une autre connaissance issue de leur passé les surveille de près, attendant son heure, prête à savourer sa vengeance, laquelle risque d'être des plus parfaites puisque Magatsu fait également son apparition ! Une nouvelle confrontation avec Shira se prépare, mais cette fois, la vie de Lin est en jeu et le redoutable manchot n d'autres atouts à sa disposition.

Lin et Dôa poursuivent leurs recherches pour retrouver Manji, toujours séquestré par Habaki et le géant Isaku, lui aussi disparu. Hyakurin propose son aide à Lin, mais celle-ci, sachant que la jeune femme est enceinte, la refuse. C'est donc seules que Dôa, qui a volé un plan du château, et Lin se dirigent vers la prison souterraine où le médecin mène ses expériences sur des prisonniers...

Manji et Giichi livrent un long combat contre les hommes de Magatsu au cours duquel l'Immortel aura recours à ses capacités régénératrices surnaturelles.

Meguro fait face à Shina, interrompant son combat contre Magatsu. Pendant ce temps, Tampopo parvient à convaincre Renzô de l'aider à sauver Lin des eaux du lac.

Lin retrouve enfin Dôa, prostrée sur une montagne de corps d'où émerge celui d'Isaku. Laissant sa compagne faire le deuil de son ami, Lin poursuit son chemin dans le souterrain et arrive, avec la complicité de Toraemon, à localiser la cellule où croupit Manji. Mais l'affrontement avec Habaki est inévitable...

Dans le labyrinthe souterrain créé pour les expériences de Burandon, Manji affronte le bourreau, alors que Dôa et Isaku, qui a échappé à la mort, croisent un personnage masqué, né des expérimentations de Burandon. Mais le temps presse car les labyrinthe se trouvent bientôt inondés.

Lin et Manji croisent par hasard Tampopo et Meguro, alors que les envoyés d'Hanabusa affrontent le cruel Shira, et qu'Anotsu et ses hommes s'attaquent au château d'Edo.

Suite à l'échec de ses sanglantes expérimentations et aux récents événements survenus au château, Habaki est tombé en disgrâce. Sommé de se faire seppuku, le chef du Mugaïryû compte bien, avant sa mort, détruire l'Ittoryû dirigé par Anotsu. A cette fin, il monte une troupe de combattants d'élite, le groupe des Six démons, dont fait partie sa propre fille Ryô.

Manji se remet des blessures reçues lors de son combat contre Shira et retrouve l'usage de son bras gauche. Lin et lui décident alors de laisser leurs compagnons pour repartir le plus rapidement possible sur la piste d'Anotsu.

Alors que Giitchi est en difficulté face à Makie, Anotsu affronte son père. Dernier volet de la série.

Lors de leur affrontement final, le seigneur Habaki devra faire preuve de perspicacité face à son adversaire Kagehisa. De son côté, l'immortel Manji combat un géant cuirassé avec l'aide de la jeune Hyakurin. Makié, elle, fait face aux trois guerriers lancés contre elle par Habaki.

Alors qu'Abayama, doyen du Ittôryû, affronte son vieil ennemi Giichi, Hyaku tient tête à l'escorte de ce dernier, et des envoyés des Six démons combattent ceux qui ont quitté le Ittôryû.

Le combat entre Abayama et Giichi voit la victoire de ce dernier. Peu de temps après, Habaki arrive au port et décide d'éliminer tous les équipages présents pour être sûr de couper l'herbe sous le pied de Ittôryû. Mais c'est compter sans l'intervention de Makié... De plus, l'apparition de Kagehisa semble marquer le début de l'ultime affrontement entre Habaki et deux de ses ennemis jurés.

La suite des aventures de Manji, l'immortel qui cherche la paix dans la mort mais ne peut l'atteindre. Sollicité par un envoyé du Bakufu, le gouvernement de Shogun, Anotsu prend la décision d'orienter l'Ittoryû vers une forme de respectabilité, tandis que de nouveaux protagonistes font leur apparition, comme la tueuse aux cheveux clairs Hyakulin, aux motivations pour l'heure insaisissables.

Hisako apprend en arrivant au dôjô d'Ibanne que le maître veut sceller une alliance entre Ito-Ryû et sa propre école en lui offrant sa fille Hisako en mariage. Pendant ce temps, Lin poursuit sa route mais son manque d'expérience lui complique la tâche.