Au Nouveau-Mexique,dans la nuit du mercredi 2 au jeudi 3 juillet 1947, William et Martha sont réveillés par une détonation lors d'un violent orage d'été. Pensant qu'il s'agit de la foudre, ils tentent d'apercevoir où l'éclair a frappé.

Samantha, Peter et leurs trois enfants Marion, Léa et Simon vivent sur le site d'une ancienne base de l'US Air Force. Les parents sont tués lors d'une intervention des troupes du colonel Howard. Après leur assassinat, les enfants s'enfuient sans savoir qu'ils sont poursuivis par McKoy, agent de l'Intelligence Service Directory...

Les rescapés du vaisseau NCC-1701 sont bloqués depuis plus de 64 ans. Bientôt la Terre, Mars, Mercure, Jupiter, Pluton et le Soleil vont être alignés, permettant un retour dans le futur grâce à une fenêtre temporelle. Mais les héros ne sont plus en possession de toutes les sphères d'énergie qu'il faut réunir pour enclencher le processus...

L'ouverture de la fenêtre temporelle est imminente et la dernière mission ne s'est pas déroulée comme Sarah l'avait prévu. Des liens se sont créés entre les membres de la mission, naufragés d'un autre temps. Dans le quartier de Two bridges, à New York, Sarah, Bent et Stacy font tout pour libérer Marion des griffes de McKoy. Mais le sort de Sean et du lieutenant C. Carol reste incertain.