Il existe un comité médical supérieur institué auprès du ministre chargé de la santé et des comités médicaux départementaux (ou interdépartementaux). Les comités médicaux départementaux interviennent lors de l'entrée dans la fonction publique territoriale, mais aussi concernant les congés de maladie et la réintégration à l'issue de ces congés. Chaque comité départemental comprend deux praticiens de médecine générale et, pour l'examen des cas relevant de sa compétence, un médecin spécialiste.