Malgré les élections législatives de juin 1999, le refus par l'armée de respecter les résultats du référendum sur le Timor oriental montre que le processus de démocratisation de l'Indonésie est plus chaotique que ne l'espérait la communauté internationale. L'héritage de la période de l'Ordre Nouveau sera difficile à surmonter, comme le montre la militarisation du régime.