Il n'est pas possible, pour la personne publique, d'appliquer des pénalités contractuelles si celles-ci n'ont pas été expressément prévues au contrat. Peuvent être prévues au contrat des procédures préalables à l'application des pénalités à la suite de l'inexécution, que la personne publique devra alors impérativement respecter. Il faudra se référer au contrat pour calculer le montant des pénalités, en prenant en compte le forfait journalier fixé, la date du départ du décompte, les possibles exonérations ou plafonnements prévus.

Le retard de travaux s'apprécie par rapport à un délai d'exécution. L'acheteur public doit veiller à bien se référer à un planning contractuel pour déterminer l'existence d'un retard. Les pénibilités ne peuvent être appliquées que si le retard est imputable au titulaire. Le cahier des clauses administratives générales prévoit de recueillir les observations du titulaire à cet effet. Dans les cas les plus graves, l'acheteur peut faire réaliser les travaux par un tiers. Ces derniers seront aux frais et risques du titulaire (avec ou sans résiliation).